虚拟仿真实验中心实行主任负责制，便于将实验教学和专业建设、产学研基地建设一体化，便于统一调配实验教学硬件和软件为教学科研第一线服务，提高了组织管理效率，实现优质资源共享。学院对实验中心主任、工作人员的工作任务、目标责任的履行进行监督和管理。每个实验室都安装有门禁系统，进入实验室必须有专人负责进行登记，并取得门禁卡，每次进入实验室都必须通过门禁系统的认证；在实验室公共区域都安装有视频监控系统，每个实验室的情况和公共区域的情况都在监控之中，从而能使得实验中心全面地掌握实验室运行情况，保障实验室安全有序。实验室实行了开放式管理，对进入实验室的人员进行自动化管理。在正常实验教学以外的时间内，学生可以利用门禁卡进入实验室开展科研训练，开放式教学方式为实验教学提供最优化资源配置，显著提高使用效率。同时，科学的开放式管理，使学生与实验室之间建立了便捷的沟通。

实验室网络系统中从结构到各系统都进行了安全设计，网络结构中设计了路由器监控和管理，能够防范一般性的网络攻击和病毒攻击；在实验室的节点机种安装了系统防护卡，从系统底层对系统攻击进行防范，能够保证系统的安全运行和快速恢复。实验中心根据学院专业方向和实验室的固有特点制定了实验室的准入制度，进入实验室的人员必须首先接受安全培训。只有通过实验室安全培训系统考核后才能进入实验室。