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2019新加坡国立大学计算生物学暑期交换项目

Day 6：温“故”知新

 不同于昨天很难跟上老师讲课的节奏，可能是因为我们对于老师口语中经常提到的一些专业名词如mutation（突变）、cluster（簇/聚集）、Centroid（重心）、Diagnosis（诊断）等逐渐熟悉掌握，今天我们渐入佳境。

 上午的课程围绕着Clustering（聚集）和microarrays（基因芯片）展开，由于有着生物信息学的课程基础，对于Clustering 我们并不陌生，但是在这些“旧”的知识里我们有了新的收获。不同于在生物信息学这门课中，我们主要掌握怎么运用Clustering，黄老师更注重于解释Clustering 的原理，比如让我们比较Clustering（聚集） 和Classifier（分类）的异同，从而更好的理解Clustering 在寻找new feature上的应用；不同的初始重心对于最终结果影响。在温故 K-means clustering方法的同时也学到了 Hierarchical clustering（新的聚集方法），PCA(主成分分析)，Statistical hypothesis testing（统计假设检验在clustering中的应用）。

 对于microarrays，由于缺少相关的知识的基础，后半节课听得比较吃力，对于老师讲解的每个小的知识点都掌握了，但没有在脑海里形成一个具体的知识框架。不过宁康老师答应给我们课后补补课。

图一：黄老师讲解基因芯片

 中午，由于一上午的高强度的学习（3小时英语授课，中途休息5分钟），同学们都趴在桌上美美地睡了一觉，保证下午上课时精神饱满。

 不同于黄老师详细深入的讲解，宋永健老师遵循着“teach less，learn more”的原则，讲课的节奏明显快了不少，宋老师着重于让我们在课程中了解基本的方法与原则，利用课外的时间，独立自主地探索更多的知识。虽然更加辛苦，但是一节课下来，学到的东西也会更多。

图二：宋老师板书BLAST的运算过程

 下午主要课程内容是Scoring function for DNA。对于PAM、BLOSUN、BLAST，我们并不陌生，但更多掌握的是如何使用它们，在下午的课程中，宋老师详细地给我们讲解了PAM、BLOSUM这些打分矩阵的计算过程，从原理上加深了我们的理解。同样的还有BLAST，之前我们只掌握了怎么在NCBI中使用BLAST,而今天我们学到了BLAST具体是怎么实现的。

图三：两位老师与Smith和 Waterman的合影

 温故而知新，今天的两门课程让我们对于生物信息学中基本知识有了全新的，更加深刻理解，同时有掌握了不少新的原理和方法。当然，在课下我们也要做到温故而知新，在课上没有理解通透的知识点，需要我们在课后好好消化，不然很有可能在后面的课程落下脚步。